宁城首富陆永年，虽已富甲一方，却仍有遗撼。因大太太沈容不能生育，陆永年遂把希望放在二太太韦一娴身上。韦一娴果不负期望，替陆家生下一名女婴，取名“陆明珠”。
沈容虽已收养一子“浩中”，但毕竟不是陆家的骨血，思及未来，心生恐惧。
被嫉妒蒙昏了头的她，趁陆永年出外经商，借口韦一娴染上麻疯病，将一娴母女关进柴房。心腹钱管事下令火烧柴房，千钧一发时，何妈将“明珠”救出，却不幸在逃命时，跌落山谷，未见生还。
陆永年回家后，伤心欲绝。而韦一娴在过度惊下，神智不清，开始她漫长的悲惨岁月。
十八年后
何妈改姓赵，化身为赵妈的女儿芸儿的“陆明珠”，和父亲程勇、妹妹同喜及师兄李俊落户在宁城。并和陆家有婚约的“古家商号”的千金古玥玥结为好友。
成亲当日，已有心上人的玥玥突然逃婚。芸儿被古家暂代玥玥进到陆家，和陆浩中拜堂成亲。然玥玥始终没有现身，冒名顶替的芸儿亦被发现。但浩中却不由自主地爱上芸儿，坚持非芸儿不娶。
沈容见到和韦一娴长得十分相似的芸儿，一种莫名的恐惧油然而起，于是她想尽办法阻挠婚事。陆永年却恰恰相反，对芸儿有着莫名的好感，于是摈弃门户之见，接纳了芸儿成为陆家的儿媳。
没想到芸儿坎坷的命运由此开始。
钱管家查出赵妈的真实身份，沈容被吓坏了，多方试探，发现何妈已失去记忆。然沈容并未就此罢手，大事小事地折磨芸儿，意图使芸儿知难而退。面对沈容的阴谋，单纯善良的芸儿浑然不觉，一次又一次地被陷害，百口莫辩。以至陆永年对她失望，浩中也对她失去耐性。
更不幸的是，一次意外中，智障的妹妹同喜成了芸儿的替死鬼。程勇、赵妈对她不能谅解。从此，芸儿有娘家也不能归。师兄李俊俨然成为她的保护神，却也给她和浩中之间带来困扰。
发现怀有身孕的玥玥，为了给肚子里的孩子找个爸爸，主动找上李俊，李俊却心系芸儿。玥玥心生嫉妒，改口愿意给浩中做小，履行陆、古两家当时的约定。
沈容大喜，在她有心的运作下，芸儿由正室变偏房；玥玥则母以子贵，名正言顺地成为陆家的少奶奶。浩中对芸儿有愧，然在传宗接代的压力下妥协了。芸儿和玥玥，昔日情同姐妹的友情起了微妙地变化。
一封匿名信给芸儿的命运带来了转机。陆永年怀疑当年和韦一娴所生的女儿还活在世上，开始展开调查。
赵妈在祭拜同喜时，未烧尽的纸钱被风吹到树丛里，引起山火。火光中，她恢复了记忆，十八年前的往事，历历在目。
当赵妈跪在陆永年面前喊出“老爷！”时，沈容自知纸包布住火。陆永年惊愕、震怒，不幸中风。
钱管家以为是时候了，逼沈容交出陆家的家产，否则将公布沈容所有的罪行。含翠也自以为得计，逼沈容实现承诺，做浩中的的妾。心狠手辣的沈容一不做二不休，买凶杀人灭口，制造意外死亡的假象。
一切似乎天衣无缝，意外却发生了。一个风雨的夜晚，一名“女鬼”出现在沈容房里，自称是韦一娴，向沈容索命来的。沈容吓得跪地求饶，心神丧失下，不由自主地坦承所有的罪行。原来，扮女鬼的是沈容的妹妹沈红。她所做的一切，都是为了自己的亲生儿子——浩中。
陆永年明白当年的挚爱是如何被眼前的女人迫害，一怒之下，休了沈容。含翠和钱管家也没落得好下场，父女一起驱逐家门。
芸儿从陆家大少爷的姨太太，摇身一变成了陆永年亲生的女儿，浩中不能接受，对照自己的身世，心理起了微妙的变化。尤其当李俊横在玥玥、芸儿之间，浩中和芸儿的关系也越发紧张，浩中对芸儿的怀疑令芸儿伤心，她无奈地决定回到养父母身边。
芸儿的离去，浩中后悔、内疚、自责到了极点。陆永年见状，于心不忍，上山求芸儿回家。芸儿看见年迈的生父——陆永年撑着虚弱的身子上山，难过地流下眼泪。这时，浩中也赶了过来，当着众人的面向芸儿认错，芸儿终于原谅浩中。
一切雨过天晴，当芸儿、浩中、陆永年正要离去时，树林里突然一个人影闪过。身手矫捷的李俊立刻追上前去，一看，惊呼。原来是失踪多时的沈容。见沈容倒地一脸痛苦，芸儿不忍，欲上前搀扶，被程勇阻止。
原来沈容染上痲疯…
最可悲的女人——刘雪华
擅长演哭戏的刘雪华，在《芸娘》中摇身一变，出演一个心狠手辣的角色，一个封建大家族的大太太。这对刘雪华来说是次难度极高的尝试。沈容是那个年代典型的受封建思想礼教毒害的女人。由于自己不能生育怕被别人唾弃，在家中的地位不保，于是心生嫉妒，对她人产生加害之心，犯下种种欲罢不能的错误。以至于由原来锦衣玉食的阔太太沦落到孤苦伶仃的麻风病人的悲惨地步。
最幸福的女人——安以轩
在《芸娘》中，安以轩摆脱以往给人的感觉，挑战自我成功塑造出一位温柔善良、秀外慧中，执着而又隐忍的主人公“芸儿”的形象。和其它琼瑶剧的女主人公一样，“芸儿”温柔可人、善良娴熟，先是命运多磨难，最终皆大欢喜。她原本是一个富家千金，一出生就被迫亡命天涯，十八年后却以儿媳的身份重回家门，在危机四伏的环境中，她忍辱负重、以德报怨，终于使母亲沉冤得雪，父女相认，也为自己赢得了幸福。
谭涛所饰演的“余亮”和刘雪华饰演的“沈容”同是《芸娘》里的恶人，都选择了以残忍的手段达到自己的目的，最后落得即可悲又可怜，这也应了“善恶终有报”这句老话。
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